Berikut adalah daftar jurusan di UIN beserta akreditasinya,

No.RegionLevelCollegeProgrammeDecrees No.Years DecreeRankExpired
1 05 S2 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Aqidah Filsafat 025 2000 U 2005-09-13
2 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Sosiologi Agama 020 2005 C 2008-10-27
3 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Bahasa dan Sastra Arab 020 2005 A 2010-10-27
4 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Perbandingan Agama 020 2005 A 2010-10-27
5 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Perbandingan Mazhab dan Hukum 024 2005 A 2010-12-27
6 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Keuangan Islam 024 2005 A 2010-12-27
7 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Pendidikan Bahasa Arab 020 2005 A 2010-10-27
8 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Tafsir Hadist 024 2005 A 2010-12-27
9 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Muamalat 017 2005 A 2010-10-13
10 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Pendidikan Agama Islam 016 2005 A 2010-09-30
11 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Bimbingan dan Penyuluhan Agama Islam 020 2005 A 2010-10-27
12 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Aqidah Filsafat 020 2005 A 2010-10-27
13 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Jinayah Siyasah 020 2005 A 2010-10-27
14 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Ahwal Al-Syakhshiyyah 020 2005 B 2010-10-27
15 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Sejarah dan Kebudayaan Islam 020 2005 B 2010-10-27
16 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Studi Pengembangan Masyarakat Islam 020 2005 B 2010-10-27
17 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Komunikasi dan Penyiaran Islam 011 2008 A 2013-06-20
18 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Kependidikan Islam 009 2008 A 2013-06-06
19 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Ilmu Perpustakaan 001 2008 B 2013-04-18
20 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Manajemen Dakwah 014 2008 B 2013-07-05
21 05 D-III Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Perpustakaan dan Informasi Islam 003 2008 B 2013-05-31
22 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Ilmu Komunikasi 027 2008 B 2013-10-30
23 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Pendidikan Biologi 001 2008 B 2013-04-18
24 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Pendidikan Fisika 008 2008 B 2013-05-31
25 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Biologi 002 2008 C 2013-04-26
26 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Pendidikan Matematika 003 2008 C 2013-05-02
27 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Pendidikan Kimia 011 2008 C 2013-06-20
28 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Kimia 010 2008 C 2013-06-13
29 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Matematika 003 2008 C 2013-05-02
30 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Teknik Industri 012 2008 C 2013-06-28
31 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Sosiologi 010 2008 C 2013-06-13
32 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Teknik Informatika 012 2008 C 2013-06-28
33 05 S3 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Studi Islam 011 2009 A 2014-01-10
34 05 S2 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Pendidikan Islam 003 2009 A 2014-05-29
35 05 S2 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Agama dan Filsafat 002 2009 B 2014-05-23
36 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Fisika 003 2009 C 2014-04-11
37 05 S1 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Psikologi 002 2009 C 2014-04-02
38 05 S2 Univ. Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga, Yogyakarta Hukum Islam 020 2010 A 2015-01-22